Journal of Animal Science and Biotechnology: 仔猪肠道硫还原菌的多样性及其群落结构
硫还原菌(Sulfate-reducing bacteria, SRB)是哺乳动物肠道一种重要的氢利用菌同时它也是一种潜在的致病菌，其代谢产物H2S通过损伤肠道粘膜，影响细胞代谢，改变细胞周期导致炎症性肠病，结肠癌等疾病。而目前关于SRB的研究主要集中于人肠道，关于猪肠道SRB的研究还比较缺乏，本研究中心先前研究表明梅山仔猪和约克夏仔猪的氢代谢能力存在差异，所以该试验想探究两猪种肠道硫还原菌的定植情况。该研究采集六头约克夏仔猪和六头梅山仔猪第14日龄，28日龄，49日龄的盲肠食糜，利用实时定量PCR检测盲肠SRB的数量，并利用盲肠食糜基因组进行基于SRB的保守区—亚硫酸盐还原酶（Dissimilatory sulfite reductase gene，DsrA）的Illumina PE250 测序探究了猪盲肠SRB的多样性及其群落结构。定量结果表明梅山猪49日龄的SRB显著高于28日龄，两品种间SRB的量无显著差异。测序结果表明约克夏猪49日龄的Chao指数显著高于14日龄和28日龄，两品种间Shannon指数，Simpson指数，Chao指数均无显著差异。PCOA分析表明不同日龄，不同品种的仔猪其肠道SRB 组成无差异。群落结构分析表明在门水平上，SRB主要由三个门组成即Actinobacteria，Firmicutes和 Proteobacteria，大部分SRB都属于Proteobacteria；在属水平上，两种猪共检测到个11个属，大部分SRB 属于Desulfovibrio；在种水平上，最主要的SRB是 Desulfovibrio intestinalis，Bilophila wadsworthia是约克夏猪肠道的第二大SRB，而梅山猪肠道丰度第二的SRB是Desulfovibrio piger。此外，日龄会影响某些SRB的含量，约克夏猪49日龄的Faecalibacterium prausnitzii显著高于14日龄，品种不会影响SRB的含量。综合以上得出结论日龄会影响猪盲肠硫还原菌的多样性及其数量但不会影响其组成，不同猪种间SRB的多样性及其组成均无显著差异，Desulfovibrio intestinalis是仔猪肠道中最主要的硫还原菌。
文章来源：Shuwen Ran, et al. (2019) Diversity and community pattern of sulfate- reducing bacteria in piglet gut. Journal of Animal Science and Biotechnology. DOI: https://doi.org/10.1186/s40104-019-0346-5
