2019年9月30日下午，第五十四期动物消化道营养精品学术沙龙在逸夫楼2064举办。本期的学术沙龙由消化道微生物实验室的两位硕士研究生——马玉萍、周阳分别作出汇报。

研究生马玉萍对自己研究方向上的一些前沿文章作出汇报，汇报主题是《A parts list for fungal cellulosomes revealed by comparative genomics》。该文章讲述了一套完整的对真菌纤维素组装至关重要的蛋白质，其中包括新愈伤放线菌独特的保守支架蛋白质。采用长读单分子技术，对厌氧菌厌氧菌罗布斯托斯（anaeromyces robustus）、加利福尼亚新愈伤组织（neocalimastix californiae）和芬兰皮尔霉（piromyces finnis）的高质量基因组进行组装。基因组分析和蛋白质组学验证表明，每个真菌菌株平均含有312种含NCDD的蛋白质，这些蛋白质绝大多数是碳水化合物活性酶（CAZymes），在与NCDD结合的四个属中鉴定出95种大型真菌支架蛋白。真菌的锚定蛋白和支架蛋白的结构域与细菌的对应域没有相似之处，但是一些催化域是通过肠道细菌水平基因转移而产生的。然而，厌氧性真菌纤维素酶体的生物催化活性通过包含GH3、GH6和GH45酶而得以扩展。这些发现表明，真菌纤维素体是一种进化的嵌合体结构，是一种独立进化的真菌复合体，它从肠道微生物组内的细菌邻居中选择了有用的活性。这种从真菌中鉴定出的锚定结合蛋白支架，为开发用于合成生物学和底物通道化的模块化相互作用开辟了道路。

研究生周阳对自己研究方向上的一些前沿文章作出汇报，汇报主题是《Characterization and Detection of a Widely Distributed Gene Cluster That Predicts Anaerobic Choline Utilization by Human Gut Bacteria》。在该研究中，他们通过基于结合转录、生化生物信息学的培养方法，在人类肠道分离物中建立了细菌基因簇、胆碱利用（切割）簇和厌氧胆碱代谢之间的联系。两个切割基因产物的定量逆转录-聚合酶链反应分析和体外生化特性将整个簇与胆碱上的生长联系起来，并支持了这一途径的模型。对已测序细菌基因组的分析表明，切割簇存在于许多人类肠道细菌中，可预测已测序菌株中胆碱的利用率，并且广泛不连续地分布于多个细菌门中。鉴于细菌系统发育是胆碱利用的不良标志，该研究开发一种基于简并PCR的方法来检测基因组和宏基因组DNA中关键功能基因胆碱TMA-裂解酶（cutC）。使用该工具，发现了新的可代谢胆碱的肠道分离株普遍具有cutC。该研究还证明了该基因广泛存在于粪便宏基因组学数据集中。此研究代表理解了人类肠道菌群中厌氧胆碱代谢的关键一步并强调了从功能导向的角度检查该微生物群落的重要性。

本期动物消化道营养精品学术沙龙中，汇报人对自己研究方向上的一些前沿文章进行了详细的解读，在实验室各位老师的建议和指导下，汇报人及各位同学发现了研究中容易忽略掉的一些问题，并且有了新的收获。本次活动为大家创造了共同学习交流的平台，使大家增长了知识与见识，提升了大家对科研的热情，对学院日后的研究工作起到了重要的推进作用。